目前，我国企业出口商品主要有生产企业自营（委托）出口和通过外贸出口两种方式，相应地，出口退税形成了生产企业自营（委托）出口与外贸出口两种不同的退税方式。因为生产企业自营（委托）出口与外贸出口计算出口退税有差异，导致二者税负有较大区别，纳税人应结合自身情况，尽可能采用税负低、出口退税多的出口方式。
现行外贸企业出口货物应退增值税税额，依进项税额计算，具体计算公式为：应退税额＝购进货物的进项金额×退税率；对出口货物库存账和销售账均采用加权平均价核算的企业，应退税额＝出口货物数量×加权平均进价×退税率，其退税依据是外贸企业购进出口货物的进价。而生产企业自营（委托）出口应退的增值税是执行“免、抵、退”或“先征后退”，出口退税的税额取决于出口的离岸价销售收入及其进项税额。
企业采用自营（委托）出口，自行办理出口退税的形式，同把货物销售给外贸企业出口，由外贸企业办理出口退税的形式税负有何差异呢？这两种形式因为在退税方面采用不同的退税方式，由此产生了不同的结果。
例如：某中外合资企业A公司以农产品为原材料生产工业品出口，1999年自营出口20000万元，可抵扣的进项税额为1500万元，该公司自营出口执行先征后退，征税率为17%，退税率为13%，年应纳增值税额为：20000×17%－1500＝1900万元，出口环节应退增值税：20000×13%＝2600万元。征税机关可征增值税1900万元，退税机关应退税2600万元，退税扣减征税后，该企业实际可得到的税收补贴为700万元。
假设A公司有关联外贸B公司，A公司把产品以同样的价格销售给B公司，B公司再以同样的价格销售到境外，A公司开具增值税专用发票价税合计20000万元，则A公司应纳增值税为：20000÷（1＋17%）×17%－1500＝1406万元，B公司可得到退税：20000÷（1＋17%）×13%＝2222万元。
税务机关征税1406万元，退税机关退税2222万元，A、B两公司实际可得到的税收补贴为2222－1406＝816万元。
通过以上例子，我们不难发现，同样的外销收入，却产生了不同的结果。从A、B两公司来看，自营出口实际得到的税收补贴是700万元，而通过外贸出口实际得到的税收补贴是816万元，两者相差达到116万元。显然，通过外贸出口对A、B公司更加划算。
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